Le système de recherche et d'innovation français a fait l'objet d'une réforme en profondeur avec la mise en œuvre du Pacte pour la recherche et de son volet législatif, la loi de programme pour la recherche du 18 avril 2006.

De nouveaux instruments ont été mis en place pour renforcer la coopération entre les acteurs et leur attractivité, notamment les pôles de recherche et d'enseignement supérieur (PRES), les réseaux thématiques de recherche avancée (RTRA) et les instituts Carnot.